Ci sono molteplici differenze, sopratutto di trama, tra la serie TV ed il manga di Ken il Guerriero. Nel manga, inizialmente Ken affronta i 4 luogotenenti di Shin (uno per ciascuno dei semi delle carte da gioco francesi) e poi Shin stesso. Nella serie Tv, invece, Shin ha un esercito molto più numeroso e Ken sconfigge prima i 4 luogotenenti, ma poi Shin scappa con Julia in una città costruita ex-novo per lei in una località misteriosa. Ken allora inizia un lungo viaggio alla ricerca della città, accompagnato da Burt e Lynn, in cui affronta alcune bande di predoni e veri e propri reparti dell'esercito di Shin.

Una banda di predoni, quella di Jackal, era protagonista di un segmento del fumetto che però si svolgeva dopo la morte di Shin, mentre nella serie TV avviene prima. La stessa identica cosa avviene per l'Armata di Dio, che nel manga era un'organizzazione paramilitare indipendente e nella serie TV diventa una sorta di setta paramilitare dedita all'adorazione di Shin.

Altre particolarità della serie TV sono l'inserimento del cagnolino amico di Lynn, Pell e di alcune "puntate riassuntive" che ricapitolano velocemente gli eventi delle ultime puntate. Per il resto, il primo blocco di episodi segue abbastanza fedelmente il manga, inserendo solo alcuni filler.

Nel secondo blocco di episodi, le diversità principali sono riguardanti la Scuola Imperiale di Cento. Nel manga, i Generali facenti parte di questa scuola sono solo tre, Falco, Shoky e Sorya. Nella serie TV, invece, ve ne sono altri due: Tiger e Bolts  Questi ultimi 2 personaggi fanno le veci dei figli di Jako, che nella serie TV non sono presenti, agendo puntualmente le stesse cose che questi ultimi facevano nel manga.

L'ultima importante differenza tra la serie TV ed il manga è la mancanza dei capitoli finali del fumetto in cui Ken istruisce il figlio di Raoh, Ryu, poi libera una nazione dalla tirannia di un ex seguace del Re di Hokuto che odia tutti gli dei ed infine perde la memoria e Burt si sacrifica al suo posto per placare la sete di sangue di un antico avversario che Kenshiro aveva accecato.