Dal primo al quinto secolo d.C il confine dell'Impero Romano corse lungo il fiume Danubio. Una città romana chiamata Gerulata, con un castellum (fortezza militare) era posizionata sul luogo della Rusovce, a sud di Bratislava. Qui stazionò sotto Domiziano l'Ala I Cannanefatium civium romanorum.

A Devín fu costruita una fortezza e varie costruzioni di origine romana sono state scoperte nelle diverse parti della città. A partire dal VI secolo, gli Slavi e dopo gli Avari arrivarono nel territorio, nel 623 Bratislava divenne parte del Regno di Samo.

Nel IX secolo, i castelli di Bratislava e di Devín erano luoghi importanti della Principalità di Nitra e Grande Moravia. Dopo il crollo della Grande Moravia, poco si sa del luogo, che probabilmente fece parte della Baviera. Dal XI secolo, Bratislava divenne un'importante città dell'Alta Ungheria, fino a diventarne capitale

Nel XV secolo è un ricco centro commerciale e culturale. Il grande re umanista Mattia Corvino nel 1467 vi fonda l' università denominata Universitas Istropolitana e Accademia Istropolitana, centro di studi umanistici.

1536–1784: capitale dell'Ungheria (che a quel tempo era stata ridotta all'Alta Ungheria e a parti dell'Ungheria Occidentale); l'Ungheria fu retta dalla dinastia degli Absburgo dal 1526 al 1918.

1542–1848: sede del parlamento ungherese.

1563–1830: luogo di incoronazione dei re d'Ungheria (nel duomo di San Martino),
dal XVIII secolo: un centro del movimento nazionale slovacco.

Dal 1919 la città divenne parte della Cecoslovacchia, il 14 marzo 1938 venne dichiarata la Repubblica slovacca con Bratislava come capitale Nel 1945 la Cecoslovacchia venne ricostituita, gli abitanti tedeschi di Bratislava furono espulsi e molti ungheresi spostati nell'Ungheria e la città divenne prevalentemente slovacca.

Nel 1968 la Cecoslovacchia divenne una federazione e Bratislava fu la capitale della Repubblica Socialista Slovacca. Dopo la scissione della Cecoslovacchia, il 1° gennaio 1993 Bratislava divenne la capitale della Repubblica Slovacca.